No se si te he entendido bien. No soy especialista en el tema, pero intentare responderte. En primer lugar, no sé si vinieron a arrancarte la caldera los de Junkers. En mi caso, fueron ellos quienes hicieron todas las pruebas con el termostato, radiadores, agua caliente, expulsión de gases, etc. Y todo funcionaba bien.
Cuando dices que el quemador queda encendido, decirte, que: la caldera tarda un pelín en reconocer la orden que le mandas desde el termostato, tanto de encendido como de apagado, o por lo menos en mi caso y no me dijeron que estuviera estropeado y además, si lo que se queda encendido son las luces, pero la caldera no hace ruido, pues decirte que es normal, porque te indica que el agua está caliente y si tocas los radiadores lo comprobarás. (Al cabo de unas horas, verás que las luces se van apagando progresivamente al tiempo que los radiadores se van enfriando)Si sigue haciendo ruido y las luces encendidas cuando tienes el termostato en off, pues creo que te lo tendría que mirar un especialista.
No se si esto aclara tus dudas, o si me he explicado bien. Creo que lo mejor es que llamaras a Junkers y le expusieras tus dudas, por teléfono, quizas te ayuden mejor. Muchas veces no es necesario que vayan y si fuera necesario pues mejor que lo miren ellos, porque al final son los expertos y los responsables, y con las cosas de gas, mejor no "quemarse" :-)
En cuanto a la distribución del calor en la casa, más de uno tenemos ese problema, pero cuando vivas allí la diferencia de calor entre habitaciones no será tanta, por lo menos en mi caso.
Espero poderte haber ayudado.
Saludos