Yo para la condromalacia y para casi todo aquel que tenga molestias corriendo os recomendaria que os informarais sobre lo que llaman tecnica natural de correr, algo similar al chi running, o correr con zapatillas minimalistas o incluso los mas radicales descalzo.
Podeis compraros para probar unas zapatillas de 9€ en el decathlon (sin la suela adicional que te quieren vender, solo la zapatilla) y empezar a correr muy poco a poco con ellas, el primer dia 5 minutos, el segundo 10, el tercero 15, etc, con mucha mucha prudencia ya que el cuerpo tarda unos 6 meses en asimilar la nueva tecnica.
Pero antes informaros sobre la tecnica de carrera, aqui teneis 3 pinceladas
http://www.youtube.com/watch?v=Q51W7dKaY94
en esta web teneis una guia que os enseñara la nueva tecnica y un foro para preguntar todas vuestras dudas
http://www.correrdescalzos.es/
a mi me ha ido bien, yo sufria de problemas de lumbares por el impacto de correr que me machacaba la base de la columna, y ahora no tengo esa molestia, he tenido otras fruto de no realizar la tecnica correctametne, pero ya esta mas que superado.
Realmente os recomiendo esta aventura.