Por un lado si te has estado desgravando por las cantidades amortizadas desde el 2003, al cambiar el contrato y la fecha, tendrás que devolver a Hacienda lo que te hayas desgravado.
Por otro lado... claro estás comprando una vivienda a fecha de hoy con el precio de hace 4 años... Te va dar igual ya que los gastos por escrituración te los va calcular Hacienda en función del valor de la vivienda hoy día, aunque se hubiese suscrito el contrato de compra-venta hace 4 años, al menos eso es lo que aparentemente han estado haciendo según algunos han comentado aquí.
slds