Hola Laura, Javier tiene razón, te puedes negar a escriturar siempre y cuando los desperfectos sean tales que la vivienda no sea habitable, pero claro, esto lo tienes que demostrar: como? En este punto hay una contradicción : si el Ayto ha otorgado cedula de habitabilidad, debe entenderse que legalmente la vivienda está habitable, pero claro, aquí estás tu para demostrar fehacientemente (por ejemplo se me ocurre un perito técnico) que te avale para demostrar que en efecto, esa vivienda no reune las condiciones para ser habitada.
Espero haberte ayudado, saludos y suerte