Si lo teneis puesto en la escritura, ese 20% es obligatorio que lo pague puesto que lo tiene firmado ese propietario y todos los demas, ahora bien, en este caso hay negligencia por parte de la comunidad por no aplicarle la cuota correspondiente desde el principio, la Junta de Propietarios es la que tiene que decidir y el propietario de la nave puede impugnar el acuerdo y seria el juez el que en este caso concreto decidiria.
Este comentario que te hago esta basado en una sentencia que lei sobre deudas a la comunidad en una compraventa, el razonamiento del juez era el siguiente....(habia una deuda con la comunidad de varios años) cuando se firma la escritura el que compra si no pide el justificante, esta obligado a pagar el año en curso hasta que firma la escritura y el anterior, lo demas lo pierde la comunidad por eso, por haber dejado pasar tanto tiempo sin reclamarlo.
CONCLUSION. No se si este caso puede ser extrapolable al tuyo, pero hay que guiarse por algo, en mi opinion para evitar conflictos yo en lo sucesivo le aplicaria la cuota del 20%, pero no pediria nada con caracter retroactivo.