Son competencias diferentes, con el ayuntamiento es evidente que has hecho las cosas bien, pero si la terraza es zona comun, suelen ser todas las de los aticos aunque sean de uso exclusivo por tener solo tu acceso a ella, tendrias que haber pedido permiso a la comunidad, si alguien pone una demanda o la comunidad lo aprueba, un juez podria hacertela quitar.
En esa terraza sino no es en PROPIEDAD y eso lo tiene que poner en la escritura, solo puedes usarla pero no puedes hacer alteraciones sin permiso de todos los demas, es zona comun.