¿Soy yo o el título es un poco tendencioso? Imagino que a modo de clickbait, ¿no? 
Cita:
Qué pasa con aquellos contratos que se hacen con un administrador de fincas por más de un año???.
Nada obliga a una Comunidad a firmar un contrato por más de un año. Si lo hace, es porque así lo quiere.
Yo, hasta la fecha, no he visto esa situación, aunque no quiere decir que no exista.
Cita:
Y qué pasa si ese contrato vence y se renueva automáticamente antes de la junta ordinaria donde se propone su cese, pero ya el contrato se ha renovado???
Será un error de la Comunidad, que permite que eso suceda, puesto que es perfectamente evitable.
En primer lugar, es habitual que coincidan (aproximadamente) las Juntas Ordinarias con las anualidades del Administrador, puesto que lo normal es que sea contratado por decisión tomada en la Junta anual. Por tanto, es fácil conseguir que la Junta anual se celebre justo antes de la renovación del contrato.
Pero si esto no sucede y se pretende cesar al Administrador, basta con convocar una reunión extraordinaria antes de la fecha de renovación del contrato.
Cita:
Habrá que esperar la finalización del contrato a pesar de haberse decidido cesar a ese administrador???. Prevalecerá la decisión de la junta y se le podrá echar???
Habrá que indemnizar al administrador el tiempo que le falta de contrato si se le echa???.
La Junta deberá decidir lo que quiere hacer. Por supuesto que prevalecerá la decisión de la Junta, que deberá valorar si, en caso de tener que indemnizar al Administrador, prefiere esperar a la finalización de la anualidad o no. Y no siempre existe la obligación de indemnizar. Esto se puede acordar en el propio contrato.