En cada una de las entregas que haces hay una parte que corresponde a pago de la vivienda y otra (mas pequeña) que es IVA, pero te lo pasan todo junto.
A la firma de las escrituras, sobre el precio de venta de la vivienda tu ya llevas pagado una cantidad de dinero (reserva, firma contrato, letras) que se descuenta de ese precio de venta ; de manera que a la firma del contrato de compraventa, pagas el IVA del importe restante de la casa lo que corresponde de IVA de lo que falta por pagar de la vivienda(hipoteca)
Espero haberte servido de ayuda.
Saludos