La declaración se puede hacer conjunta, o por separado. En este caso interesa mucho más hacerla por separado, ya que la desgravación es doble.
De todas formas, cuando la hagas, en el pograma PADRE hay una pestañita para indicar si quieres hacer la declaración conjunta o por separado. Ya verás como marcando y desmarcando la pestaña las desgravaciones se multiplican por 2.
El regimen matrimonial no tiene nada que ver.