Yo voy a escriturar de forma independiente, ya que como han comentado, si se quiere vender separada no tienes que volver a pagar una escritura nueva de separación. De todas las maneras, creo que la adquisición de la 2ª plaza de garaje, aunque sea en escritura independiente, es deducible fiscalmente.
En mi caso la parte de la hipoteca del garaje es lo único que voy a cancelar y al hacer escritura independiente, luego no voy a tener que pagar otra vez cuando se acabe de pagar el piso por escrituras y registro, ya que lo hago todo ahora y queda sin cargas.