Hola Brisco,
no sé si lo que yo te pueda contar te puede servir de mucho pero allá voy.
Mencionas dos máquinas, imagino que una es la que va al exterior (en la azotea), para recoger el aire, y otra la que va en el techo del baño, que es la que enfría/calienta el aire y la distribuye a las habitaciones.
Sobre la distribución del aire, pues imagino que quien te haga la obra te podrá sacar las salidas por donde tú quieras. No obstante, ten en cuenta que vas a tener rejilla de salida en todas las habitaciones. Lo que no tengo muy claro es si desde el aparato del baño sale el aire directamente por todas las habitaciones o tiene subconductos (tubos, etc) que llegan hasta las habitaciones. Me parece más lógico lo primero sinceramente.
Si el aire sale por todas las habitaciones sin subconductos, podrás poner una rejilla que se abra o se cierra a voluntad y, si va por tubos, con no ponerlo imagino que valdría.
Espero haberte ayudado.
Saludos.