Por edificabilidad se queda un hueco en la segunda planta.
A posteriori se podría cerrar con una estructura similar a estas:
http://supermanitas.blogspot.com.es/2013/05/altillo-para-garaje-con-escalera.html
http://supermanitas.blogspot.com.es/2011/09/atillo-sin-obra-de-albanileria.html
Sería una obra ilegal, puesto que la licencia nunca a concederían al sobrepasar los metros edificables. Tengo un amigo arquitecto, le preguntaría antes de hacer algo así, por seguridad.