Hola ceped,
Llame ayer a Hacienda por lo mismo, y me comentaron que lo que se debe hacer es pagar las cantidades desde la cuenta vivienda. En cuanto al justificante de que has pagado, supongo que es suficiente con la carta de pago que tienes de la EMV.
Por otro lado, aunque estes realizando pagos, puedes seguir metiendo dinero en la cta. vivienda, pero por ese dinero que te desgrabes por aportaciones a cuenta vivienda, no te puedes desgrabar como gasto de adquisicion de vivienda. Es decir, no te puedes desgrabar dos veces por el mismo dinero.
Si quieres mas informacion, puedes llamar al 901 33 55 33.
Un saludo.