No vas mal encaminado... te explico lo que yo sé:
Efectivamente, con cada pago se suma el IVA, pero sólo de la cantidad que se paga (es decir, si el pago es de 1000 euros, el IVA que se suma es el 7% de 1000 euros). De este modo, cuando se hayan hecho los tres pagos correspondientes al 20% del valor total de la vivienda, se habrá pagado el IVA correspondiente al 20% nada más y faltaría el del 80% que se hipoteca y que habrá que pagar antes de firmar la escritura ya que esa cantidad de IVA no entra dentro de la hipoteca.
Por otro lado, los gastos que llamamos "de notaría" no son sólo del notario, sino de todo lo que conlleva una "compra-venta" (impuestos, gastos de escrituración, etc.) ; son los gastos que corren a cargo del comprador (por ser de la EMV son menores pero no dejan de existir).
No sé si me he explicado bien...