Se puede hacer por internet, solo tienes que rellenar el formulario, incluir los DNI de las personas a empadronar y dos recibos de compañías que te suministren (luz, gas, etc)mandarlo por correo ordinario a la dirección que te ponen y en unos días recibes una contestación para confirmate los datos.
Dirección de internet y te bajas los impresos
http://www.munimadrid.es/gestiones/impresos/indicePadron.htm