En mi opinión esta ayuda la solicita el interesado sin ninguna intervención del propietario. Si la operación de alquiler está con su contrato y declarada convenientemente a la administración, no veo en qué puede perjudicar . . .
No obstante, yo no soy un experto y te recomiendo que lo consultes al organismo al que se solicitan. De este modo ellos pueden comprobar si la normativa en vigor para estas ayudas excluye algún tipo de contrato.
Un saludo