Con cada pago que has hecho has ido pagando también el IVA correspondiente. Como el importe de la hipoteca todavía no lo has pagado, el IVA de ese importe tienes que desembolsarlo en el momento de suscribirla, es decir en la firma de la hipoteca, lo que coincide con la firma de las escrituras, por lo que, sintiendolo mucho, tienes que ir buscando los 9.000.- euros a los que hacer referencia en tu escrito.
Saludos