Hola. En mi opinión no pueden pedirte que pagues otra vez la comisión de la agencia porque estamos ante una prórroga del contrato vigente y no un nuevo contrato. La clave la tienes en los artículos 9 y 10 de la Ley de Arrendamientos Urbanos. El artículo 9.1 dice:
"La duración del arrendamiento será libremente pactada por las partes. Si esta fuera inferior a cinco años, o inferior a siete años si el arrendador fuese persona jurídica, llegado el día del vencimiento del contrato, este se prorrogará obligatoriamente por plazos anuales hasta que el arrendamiento alcance una duración mínima de cinco años, o de siete años si el arrendador fuese persona jurídica, salvo que el arrendatario manifieste al arrendador, con treinta días de antelación como mínimo a la fecha de terminación del contrato o de cualquiera de las prórrogas, su voluntad de no renovarlo."
Básicamente, si has hablado con la propietaria y el contrato se va a mantener en las mismas condiciones (misma renta y obligaciones de cada parte) no es necesario hacer ningún nuevo contrato, sino que se prorroga el que tenías durante un año más. Distinto sería el caso si hubiera que redactar un nuevo contrato porque se han cambiado algunas condiciones del contrato de arrendamiento, cosa que no parece que sea tu caso.