Muy buenas.
Lo de vender líbremente es un fraude porque mientras la vivienda esté calificada como protegida (tendrás que mirar el plazo) no se puede vender más cara que el módulo por el cual te la vendieron a ti, revisado quizá por el IPC, pero nada más. Si lo vendes líbremente mientras está protegido por una cantidad distinta, estás estafando y engañando.
Lo del impuesto que dices es muy raro, pero en la página de la EMV de Madrid
www.emv.es hay un consultorio on-line que a lo mejor te lo soluciona.