Ya lo puse en un mensaje hace tiempo, creo que el tema del IVA es el de los intereses de financiación, que ahora se han dado cuenta de que tributan por IVA.
Respecto al tema de la gestión del documento, no es tan sencillo como lo plantea Gandaria (y no solo consiste en llevarlo al registro e ir por la escritura cuando esté inscrita). Los mil y pico euros son una provisión de fondos para el pago de los honorarios del notario y del registrador, el pago del impuesto de Actos Jurídicos Documentados y los honorarios del gestor que lo tramite.