En cuanto al tema del IVA te comento. Si aceptas las condiciones de Caja Sur, te dan de entrada la hipoteca por el importe estipulado (es decir la cantidad que tienes pendiente de pagar a Gedeco sin incluír el IVA, que tendrías que pagarlo tú de tu bolsillo), lo que se puede hacer es una novación de la hipoteca variando el importe para que sí que incluya el IVA (y si puedes alguna cantidad extra para papeleos, mobiliario, etc.). Esta posiblidad de ampliación va a estar siempre supeditada al valor de tasación del piso en el momento en que nos los entreguen, con lo que no creo que hubiera problemas, salvo que los de CajaSur no quieran hacerlo.
Si vas a hacer la hipoteca con ellos, sino con otro banco, el tema es más sencillo, simplemente tienes que pedir la hipoteca por el importe que te queda por pagar más IVA, sabiendo que dependerá de la tasación. Pero de todos modos si la cantidad que quieres incluír es solo el IVA, ten en cuenta que es un 7%, y desde que compramos los pisos hasta que hagamos los préstamos se habrán revalorizado con toda seguridad ese siete por ciento (o más), por lo tanto no vas a tener problemas con la tasación.