Buenas,
trabajo en la Comunidad de Madrid y tengo bastante experiencia en el tema que planteas. Efectívamente la intoleracia a la lactosa no es considerada para obtener ningún punto adicional. Solo cosas como ser celíaco, diabético, fibrosis quística, diálisis, obesidad mórbida, hipertiroidismo, insuficiencia renal y alguna otra, que tienen que ser crónicas, justifican un cambio sustancial en la dieta del niño/a, y se concede en esos casos el punto extra. Lo que comentas o las alergias puntuales a algún alimento no sirven porque entonces el punto se lo darían a casi todo el mundo y no se cumpliría el objetivo que persigue esta norma, el cual, pasa por hacer una discriminación positiva a los niños/as que tienen verdaderos problemas digestivos, metabólicos, endocrinos.
Espero haber sido de ayuda.
Saludos