En caso de comunidades como esta una buena opción es proceder a una distribución de los gastos.
Gastos generales (viviendas+garajes): seguro, administrador....
Gastos de las viviendas: Luz, limpieza....
Gastos de garajes: mantenimiento incendios, luz.........
Por otro lado tendremos que determinar los coeficientes de participación de cada propietario observando las propiedades que tienen en la comunidad. Por ejemplo:
Pepe (Garaje1): 0,21
Juan (vivienda1+garaje2): 3,12+0,40= 3,52
Luis (vivienda3): 3,10
En total la suma de todos los coeficientes tendrán que ser 100. Se dividirá gasto presupuestado entre coeficientes y dará como resultado la cuota a pagar.
Mas o menos seria así. La otra opción es la creación de subcomunidades pero como ya te han comentado pueden existir duplicidad de gastos entre otros problemas.
El que existan propietarios con una plaza de garaje solamente en nada afecta ya que siguen siendo parte de la comunidad como propietarios de un plaza de garaje que son. Otros lo serán de un local y otros puede que de dos casas. Cada uno con su voto y coeficiente.