El tema del pago de la conocida como plusvalía (incremento del valor de los terrenos), que el vendedor paga al ayuntamiento es una cosa, y el valor de referencia, que marcan las comunidades autónomas, es otra.
Entiendo que te refieres a este último valor, que por cierto no tiene nada que ver con el valor catastral, que es un valor de referencia o mínimo de cada inmueble, por debajo del cual, no "se lo creen", por aquello del dinero negro, etc.
El problema actual es que estos valores no se han revisado hace bastante tiempo, y se da con cierta frecuencia que este valor es mayor que el verdaderamente pagado por la compra. Tu debes escriturar, lógicamente, por el valor real, y pagar los impuestos (IVA, IAJD) por este valor, y si te reclaman que debe ser más, a pelear para demostrar que es así.