Creo que lo primero que tendriais que hacer es solicitar una nota simple al registro de la propiedad correspondiente para verificar que efectivamente la division de ambas vivienda esta realizada. Por muchos permisos que te de el Ayuntamiento, si las 2 casas no estan inscritas con sus numeros de fincas correspondientes, no hay dos casas como tal.
Si solo hay una finca (que engloba las 2 casas), tendrias que hacer una segregacion de fincas y para que consten las dos en el Registro y con el prestamo, habria que hacer una redistribucion hipotecaria. La operacion en si puede ser cara ya que ambas escrituras tributan impuestos. Planteaselo al banco que concedio la hipoteca haber si pueden darte alguna otra solucion.