Al ser el primer año se suele pagar bastante mas de lo que tienes en cuenta vivienda.
Si en la cuenta vivienda tenias A (asumiendo que te has desgravado por A) y has pagado en total B. Si B > A, significa que todo lo que tenias en A ya lo has invertido en vivienda, el que dinero provenga fisicamente de la cuenta vivienda o de otra, hablando de 2500 euros da igual.
con numeros, tenias 32500 en la cuenta vivienda, de los que ya te desgravaste los años anteriores, este año pagas 45000, entre la entrada notario y todo lo demás. los 45000 los sacado 30000 de la cuenta vivienda y 15000 de tu cuenta en otro banco. De cara a hacienda da igual tu ya has invertido el dinero por el que te desgravaste en la cuenta vivienda. Es como si de la cuenta vivienda lo pasas a la cuenta en la que tienes la nomina y de ahí pagas...
Lo mejor es una llamada a hacienda por telefono y te lo resuelven...