Se puede tener una o tener dos, una por cada conyuge. El tener gananciales no influye para desgravarse cada uno por su parte, sino el hacer la declaración conjunta o separada, ya que el tope de desgravación por vivienda se aplica por declaración (9015 euros como tope). Es decir, si la hacéis conjunta solo podríais desgravaros 9015 como tope independientemente de que tengáis dos cuentas (se computaría la suma de las dos cuentas).
No estoy seguro pero supongo que tener una única cuenta vivienda con dos titulares sería compatible con desgravaros cada uno 9015 por declaración en caso de hacerlas por separado. Es mejor que te lo confirmen en tu delegación de Hacienda, o en el banco.
Ojo, en las aportaciónes anuales se tienen en cuenta lo aportado + los intereses generados por la cuenta. Es decir, si la cuenta te ha generado 200 euros de intereses ese año y aportas p.e. 9000 en ese año solo te puedes desgravar 9015, y el resto de dinero (185 euros) no desgravaría.
Saludos.