Al ser de cooperativa el piso costará lo que se haya gastado en construirlo, desde terreno, construcción, urbanización, licencias, pagos a la gestora, etc. Si al final ha costado eso, pues eso es lo que toca pagar. Otra cosa es que haya gastos oscuros en las cuentas de la cooperativa pero eso lo tendrías que investigar tu.
La vivienda protegida tiene un precio máximo, pero al ser de cooperativa supongo que se escriturará por el máximo legal y el resto lo pagarás como "pérdidas de la cooperativa". Imagino que por eso tienes más dificultades en encontrar financiación.
Desgraciadamente no sé como puedes conseguir más del 80% de la financiación.