Pagas dos veces porque son dos escrituras distintas, hay que inscribir una escritura de compra-venta y una escritura de hipoteca, y el notario por así decirlo cobra por cada firma que hecha, vale que te lo hacen todo en el mismo acto pero son dos cosas distintas, dos escrituras completamente distintas, ya que tu puedes comprar una casa y hacer solo escritura de compraventa y si eres rico no necesitar hipoteca con lo que solo cobraría una vez por ser una sola escritura. Un saludo