Yo aceptaría las ayudas, ya que la vivienda va a estar sometida "per se" a un régimen de protección por su naturaleza VPO y la limitación de disponer durante X años va a estar ahí, aceptes o no las subvenciones.
Pregunta en la entidad donde te vayan a hacer la hipoteca, que condiciones podrías obtener por tu perfil, puesto que si vas a terminar por pagar un tipo de interés peor o igual que el subvencionado, habrías perdido unos años de ayudas que pueden venirte muy bien.
Por otro lado, como comentan arriba, una ayuda de 1.000 para los gastos me parece poco, sobre todo en la Junta de Andalucía. Informate mejor porque seguro que puedes compaginar diversas ayudas si cumples los requisitos de ingresos, etc...
Un saludo