Hola mma1712,
Si, puede seguir aplicando la deducción por adquisición de vivienda habitual sin problema, ya que con la nueva hipoteca seguirá pagando la vivienda cuya la adquisición se produjo antes del 31/12/2012.
Los gastos que se originen por el cambio (notaría, registro, etc.) no podrá deducirlos, ni tampoco si hay un aumento del capital pendiente con respecto a la hipoteca original.
Cuando a Hacienda le salte el chivato, seguramente le requieran para que expliques lo ocurrido.
Francisco Pérez