Si tú has comprado y escriturado por el mismo importe, es lo correcto.
El que tenga el piso una tasación más alta, te puede venir bien a la hora de pedir la hipoteca, lo normal es que den el 80% del valor más bajo, el de compra o tasación, pero si está tasado bastante más alto, como es tu caso, puede que algún banco, se estire un poco más.